เมืองท่า "สึคุบะ"ต้องเผชิญกับภัยพิบัติจากคลื่นยักษ์ที่มาพร้อมกับการปรากฏตัวของไคจูจากท้องทะเลอย่างกะทันหัน
หลังจากที่ไคจูตัวนั้นหยุดเคลื่อนไหว ร่างของมันก็สลายไปในทะเล กลายเป็นสารอาหารอันอุดมสมบูรณ์ให้กับสัตว์น้ำ
ซึ่งช่วยหล่อเลี้ยงเศรษฐกิจของเมืองสึคุบะให้รุ่งเรือง จนมันถูกขนานนามว่า "เกอาชิม่า (Gaea-Tima) เทพเจ้าแห่งความอุดมสมบูรณ์"
มิยาโกะ เด็กสาวผู้ประสบภัยในครั้งนั้น ได้ปั้นตุ๊กตาเกอาชิม่าขึ้นมาเพื่อให้เหตุการณ์นั้นยังคงถูกจดจำ
ซึ่งตุ๊กตาของเธอก็กลายเป็นของที่ระลึกยอดนิยมที่วางขายในเมือง แต่แล้ว 10 ปีให้หลัง
ในเมืองสึคุบะที่ฟื้นฟูขึ้นมาใหม่ ไคจูก็ได้ปรากฏตัวขึ้นมาอีกครั้ง...
ไคจูคือศัตรู หรือมิตรของมนุษยชาติกันแน่?
